Henrique Amaral Penna nasceu no Rio de Janeiro (DF) no dia 30 de janeiro de 1911. Sentou praça como aspirante da Marinha em 1929 e, depois de cursar a Escola Naval (1929-1932), concluiu o Curso Superior de Navegação Aérea (Aviação Naval) em 1935. Com a criação do Ministério da Aeronáutica, em 1941, transferiu-se para a Força Aérea Brasileira (Fab), tendo integrado o Grupo de Caça durante a Segunda Guerra Mundial (1939-1945). Foi observador de guerra na Royal Air Force (RAF) do Reino Unido e fez os cursos de Estado Maior (1949) e de Comando Superior (1952) da Aeronáutica. Em 1954, frequentou a Air University, nos Estados Unidos. Desempenhou diversas funções como militar, tendo sido oficial de Relações Públicas do brigadeiro Eduardo Gomes no Ministério da Aeronáutica (1954-1955), diretor-geral de Engenharia da Aeronáutica (1959-1961), chefe do Estado-Maior (1961-1963) e comandante (1963) do Comando Aeronáutico Naval e interventor na Panair do Brasil. Promovido a major-brigadeiro-do-ar em fevereiro de 1963, passou para a reserva remunerada.

Exerceu em seguida os cargos de procurador (1963-1965) da Companhia Brasileira de Construções (CBC) e de assistente executivo (1965-1969) da Presidência da Companhia Auxiliar de Empresas Elétricas Brasileiras (Caeeb). Assumiu a Diretoria Administrativa dessa empresa em 1969. Ocupou esse cargo até janeiro do ano seguinte, quando assumiu a Presidência da Caeeb, no lugar de Ronaldo Moreira da Rocha. Foi sucedido na Diretoria de Administração por Flávio de Souza Castro. Sua gestão como presidente da Caeeb deu-se ao longo do período de nacionalização das empresas da American & Foreign Power Company (Amforp), iniciado em 1964 com a sua aquisição pela Centrais Elétricas Brasileiras S.A. (Eletrobrás). A Caeeb passou à condição de subsidiária da holding federal como companhia prestadora de serviços técnicos e administrativos, recebendo a atribuição de prestar assistência técnica, jurídica, administrativa, financeira e contábil às empresas estatais do setor de energia elétrica e ao Ministério das Minas e Energia (MME). A Caeeb teve seu controle acionário transferido para a União em 1971, data em que deixou de ser uma companhia privada, jurisdicionada à Eletrobrás, para se transformar numa sociedade de economia mista diretamente subordinada ao MME.

A partir de então, verificou-se um amplo processo de reestruturação interna, visando sua adaptação às novas responsabilidades que então lhe foram conferidas. Das ações desenvolvidas pela Caeeb na gestão de Henrique Amaral Penna destacam-se os diversos serviços prestados ao MME, que incluíram a elaboração e a execução do Plano de Formação e Aperfeiçoamento do Pessoal (Planfap); a implantação e operação do Centro de Processamento de Dados; a construção e administração do Museu da Terra e da Energia, em Brasília (DF) e do Centro de Estudos e Conferências (Centrecon), em Petrópolis (RJ), entre outras. A Caeeb atuou também na administração de empréstimos contraídos pelas empresas estatais do setor de energia elétrica, na aquisição e importação de materiais e equipamentos e no assessoramento a projetos de aproveitamentos hidrelétricos. A partir de 1975, recebeu a atribuição da comercialização do carvão mineral nacional não utilizado na produção do coque.

Henrique Amaral Penna deixou a Presidência da Caeeb em março de 1977, tendo sido substituído por José Esmeraldo da Silva. Publicou Manual de navegação aérea. Faleceu no Rio de Janeiro (RJ) no dia 5 de janeiro de 1980.